Safiye Ali, 1891 yılında İstanbul'da dünyaya geldi. Babası Sultan Abdülaziz ve II. Abdülhamit'in yaverlerinden Ali Kırat Paşa, annesi Şeyhülharem Hacı Emin Paşa'nın kızı Emine Hasene Hanım'dır. İstanbul'da Amerikan Kız Koleji'nde öğrenim gördü. Ocak 1916 da kolejden mezun oldu. Kolej yıllarında iken tıp doktoru olmaya karar verdi. Kadın hastaların kadın doktorları tercih etmesinden ötürü ülkede kadın doktorlara gereksinim duyuluyordu ancak Darülfünun Tıp Fakültesi henüz kadın öğrenci kabul etmiyordu. I. Dünya Savaşı sürerken maddi güçlüklere rağmen Almanya'ya giderek ile Würzburg Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde öğrenim gördü. Dönemin Maarif Nazırı Ahmet Şükrü Bey'in yardımıyla devlet bursu alan Safiye Ali, hızlı bir şekilde Almanca öğrenerek hemen derslere başladı. Amerikan Koleji mezunu olması sebebiyle zorluk çıkaran Bavyera Milli Eğitim Bakanlığı, sınavda aldığı birincilik derecesi karşılığı Safiye Ali'ye “doktor namzeti” unvanını verdi. 1921 yılında “bebeklerde iç Pakimenenjit kanaması' hakkındaki tezi ile diplomasını alır.