Portekiz ekibiyle yollarını resmi olarak ayırmasının ardından Medipol Başakşehir ile masaya oturacak olan Aboubakar, sağlık kontrollerinde sorun çıkmaması halinde sözleşme imzalayacak.
2016-2017 sezonunda Beşiktaş forması giyen Kamerunlu oyuncu, siyah-beyazlı takımın da gündemine gelmişti. Ancak yapılan görüşmelerden sonuç çıkmadı. Yaşadığı sakatlık nedeniyle düzenli oynayamayan Aboubakar, son 2 sezonda Porto forması ile çıktığı 21 maçta 6 gol attı.