Trabzonspor'dan devre arasında ayrılan Bongonda, sonrasında Belçika ekibi Zulte Waregem'e kiralandı. Başarılı performansı sonrası Zulte Waregem, sezon sonunda 1.6 milyon Euro karşılığında Bongonda'nın bonservisini almıştı. Buradaki başarılı performansını sürdüren Bongonda, 2019'da ise 7 milyon Euro karşılığında Genk'e transfer oldu.