Ancak Tottenham'da istenen çıkışı gerçekleştiremeyen Portekizli oyuncu, bu sezonun devre arasında Benfica'ya döndü. Geçen sezon Tottenham'da 12 maça çıkan Fernandes, bu sezon ise sadece 2 maçta forma giydi.
Premier Lig karşılaşmalarının 21 tanesinin 18'inde kadroya giremeyen oyuncu, diğer 3 maçta ise oyuna dahil olamadı. Bu sezon Tottenham formasıyla 1 FA Cup bir de Lig Kupası mücadelesinde süre aldı ve nihayetinde ayrılık gerçekleşti.