Bağışıklık sistemi proteinleri tanıdık veya yabancı olarak gruplayarak yabancı olarak grupladığı proteinlere karşı savaş açar. Bağışıklık sistemin çalışmasının en güzel ve en basit örneği, mikroplar vücudumuza girdiğinde onlara karşı antikorların oluşması ve mikropları öldürebilmek için bunlara karşı bir dizi reaksiyon başlatmasıdır.
Gebelik kayıplarına, infertiliteye ve tüp bebek uygulamalarında başarısızlığa yol açan birçok değişik immün problem vardır. Annenin bebeğe ve plasentaya (bebeğin eşine) ait dokulara karşı verdiği tepki sonucu düşükler gerçekleşir. Bebeğe ait proteinlere karşı annede oluşan reaksiyonlar, gebeliğin gerçekleşememesine veya oluşan gebeliğin düşükle sonlanmasına neden olur.