Muharebenin fitili, 1934’ün haziran ayının ilk günlerinde Bursa’nın Orhangazi ilçesinde ateşlendi. Uludağ’ın sarp zirvelerinden ovaya inen altı adet kartalın, Orhangazi’deki bir leylek yuvasına düzenlediği saldırı, çatışmanın başlamasına neden oldu. Kartallar, bu ilk saldırıda yuvada bulunan anne ve baba leyleği öldürerek dört yavruyu kaçırdı. Nitekim birkaç gün sonra aynı bölgede gerçekleşen ikinci saldırıda, yuvanın boş olduğu ve yavruların leylekler tarafından güvenli bir noktaya gizlendiği görüldü. İlk çatışmaların ardından, temmuz ayı boyunca Türkiye’nin dört bir yanından, hatta komşu coğrafyalardan gelen leylek ve kartal sürülerinin belirli noktalarda toplandığı görüldü. Leyleklerin toplanma merkezi olarak Aydın’ın Menderes Deltası’nı seçmeleri, bölgenin hem sulak alan zenginliği hem de insan yerleşimlerine yakınlığı nedeniyle tesadüfi değildir. Kartallar ise takviye güçlerini dağlık ve ormanlık alanlarda konuşlandırarak avantajlı bir pozisyon almaya çalıştı.
Ağustos 1934’te başlayan ana muharebe, sadece bir çarpışma değil, aynı zamanda taktiklerin uygulandığı bir savaş niteliğindedir. Leyleklerin uyguladığı en çarpıcı taktik, yaş ve tecrübe temelli bir görev paylaşımıdır. Genç ve çevik leylekler ön saflarda yer alarak kartal gruplarını sürekli taciz etti, onları manevra yapmaya ve irtifa kaybetmeye zorlayarak fiziksel olarak yordular. Kartalların pençelerine karşı leyleklerin en büyük silahı, mızrak gibi kullandıkları uzun ve sert gagaları oldu. Kartallar yorgunluk emaresi gösterdiğinde, geride bekleyen “tecrübeli yaşlı” leylekler devreye girerek öldürücü gaga darbelerini vurdu. Muharebenin bir diğer önemli unsuru, leyleklerin savaşı özellikle yerleşim birimlerine yakın bölgelerde tutma kararlılığıdır. Kartallar, savaşı kendi doğal üstünlüklerinin bulunduğu sarp dağlara ve ormanlık alanlara çekmeye çalışırken, leylekler insanların yardımını alabildikleri ovalarda ve köylerde kalmayı başardı. Anadolu halkı, topyekün bir seferberlikle leyleklerin yanında saf tuttu. Türk köylüsü için bu sadece bir kuş kavgası değil, “mazlumun zalime karşı direnişi” olarak düşünüldü. Muharebe sırasında yaralanarak yere düşen leylekler için halk adeta seferber oldu. Köylüler, yaralı leylekleri evlerine aldı, kırılan kanatlarını sardı ve onları tedavi etti. Çocuklar ise leyleklerin savaştaki ebeveynleri nedeniyle aç kalan yavrularını beslemek için ağaçlara tırmanıp yuvalara yiyecek taşıdı. Özellikle Germencik ilçesinin Meşeli köyünde, köylülerin av tüfekleriyle kartallara ateş ederek leyleklerin lehine doğrudan çatışmaya dahil oldukları biliniyor.
Halkın leyleklere olan sempatisi o kadar büyüktü ki çatışmaların durdurulması ve leyleklerin korunması için devletin en üst kademelerine başvurular yapıldı. Dönemin Genelkurmay Başkanı Mareşal Fevzi Çakmak’a, ordunun bu savaşa müdahale etmesi yönünde telgraflar gönderildi ve halk Kızılay’ı (Hilal-i Ahmer) yaralı kuşlar için göreve davet etti. 1934 Leylek-Kartal Savaşı, o dönemin kısıtlı iletişim imkanlarına rağmen dünya çapında bir haber değeri taşıdı. Türkiye’deki yerel gazetelerden New York Times’a kadar uzanan geniş bir medya yelpazesi, olayları askeri bir bülten ciddiyetinde aktardı. Cumhuriyet, Akşam ve Kurun gazeteleri, savaşı tefrika halinde yayımladı. Özellikle Bursa ve Aydın kaynaklı haberlerde, kuşların manevraları ve zayiat durumları detaylıca işlendi. Olay, uluslararası basında da büyük bir şaşkınlıkla karşılandı. The New York Times, 1934 aralık ayında “Türkiye’deki Savaşta Leylekler Kartalları Yendi” başlığıyla verdiği haberde, 300 leylek ve 60 kartal arasındaki çatışmayı tüm dünyaya duyurdu. Savaşın sonunda galip gelen taraf, sayıca üstünlüğü ve organizasyon yeteneği sayesinde leylekler oldu. Kartallar ağır kayıplar vererek bölgeyi terk etmek zorunda kaldı. Ancak leylekler için de bu zaferin bedeli ağır oldu; yuvalarına dönen leyleklerin sayısında yüzde 20-30 oranında azalma kaydedildi.
