Cami 1890 yılında tekrar inşa edildi. Osmanlı Devleti ve Cumhuriyet Döneminde de defalarca sel ve su baskınlarına maruz kalan Eğri Minare 1960 ile 1965 yıllarına kadar sürekli zarar görünce, camisi defalarca tadilat gördü. 1973 yılında minarenin korunması amacıyla çelik halatlarla yere sabitlenen minare kültür varlığı olarak koruma altına alınırken, Selçuklu Döneminden sonra maruz kaldığı sel ve su baskınlarından sonra minarenin bir tarafına da sel yaran yapıldı. Kuzey kısmında yer alan sel yaran, minarenin zarar görmemesi için yapılan mimari bir detay olarak kayıt altına alındı. Araştırmacı yazarlar ve tarihçiler tarafından sıklıkla gündeme getirilen Eğri Minare’nin eski dönemlerde meydana gelen sel ve su baskınları ise ilk defa Tarihçi Yazar Mustafa Fırat Gül tarafından gündeme taşındı. Tarihçi Gül, kızıl tuğlalı Eğri Minare’nin sel badirelerini ilk olarak 1863 yılında meydana gelen sel olayı ile anlattı.