Yaptığı diyabet ameliyatlarında hastalarının ölümüne neden olduğu gerekçesiyle Prof. Dr. Alper Çelik hakkında, pek çok soruşturma başlatılmış ve davalar açılmıştı.
Özellikle diyabet ameliyatı yaptığı hastalarının ölümüne neden olduğu iddiasıyla hakkında pek çok dava bulunan Prof. Dr. Alper Çelik hakkında 3 yıl süreyle meslekten geçici olarak men edilme kararı verildi.