Garner, oyuncu Ben Affleck ile 10 yıldır evli. Çift, Haziran 2015’te ayrılacaklarını duyurmuş, “Birbirimizi sevmeye ve arkadaş kalmaya, çocuklarımıza ebeveynlik yapmaya devam edeceğiz. Bu mesele, özel aile meselesi olarak kalacak” açıklamasını yapmıştı.