Omega-3 yağ asitleri, vücutta iltihabı azaltabilir. Özellikle EPA'nın, inflamatuar yanıtı kontrol ettiği ve kronik iltihaplı durumları (örneğin, romatoid artrit gibi) hafiflettiği düşünülmektedir.
Omega-3 yağ asitleri, bağışıklık sisteminin düzenlenmesine katkıda bulunabilir. İltihaplanmanın azaltılması ve hücresel işlevlerin düzenlenmesi yoluyla bağışıklık sisteminin güçlenmesine yardımcı olabilir.