Teknik direktörlük kariyeri de başarılarla dolu olan Güneş, 2002 yılında kazanılan Dünya 3.'lüğünde Türkiye A Milli Takımı'nın başındaydı.
Trabzonspor'un başına 4 farklı dönemde geçen Güneş, 4 defa lig ikinciliği yaşadı.
Türkiye'nin yurt dışında çalışan nadir hocalarından olan Şenol Güneş, Güney Kore'nin FC Seul takımında 2007-2009 yılları arasında 2 sezon çalıştı.